Не огорчайтесь, под фильтр Яндекса хорошие сайты попадают пачками с завидным постоянством, если сайт для людей и периодически обновляется, сайт сам вернется в индекс так же неожиданно как выпал, у меня такие случаи были несколько раз. Для меня,что мне не говори, непостижимо как сайт в 1000 страниц с одной в индексе (999 яндекс "забраковал") может вообще попасть с топ-5??? Как не крути либо с топом глюки либо индекс никуда, но и исправляют сами что приятно.